全国碳交易市场设计要以形成合理的碳价格为核心。
碳价格是碳交易市场制度设计好坏的集中反映，是引导企业节能减排决策和投资行为的重要信号，是决定企业减排成本的关键因素，是碳交易市场实现以最低成本减排的基本保障。碳交易市场只有在市场供求机制和竞争机制的作用下，给碳排放权定价，才能够在价格机制的引导下合理配置减排资源，通过市场竞争机制实现优胜劣汰，促使企业以最低成本进行节能减排。准确的排放数据、从紧的配额总量、严格的履约法规、适度的流动性、相当规模的交易量、多元化的投资者结构和碳金融创新是形成合理的碳价格的重要条件。
两个保障
全国碳交易体系设计要以法律和数据为保障。
碳排放权是一种特殊的用益物权，兼具私益性和公共品性质，因此碳交易需要从法律上明确市场参与各方的权利和义务，使碳交易有法可依。制定与碳交易相关的法律、行政性法规、地方性法规及政府规章制度等，形成一套完整的法律体系是碳交易市场的根本保障。碳交易法律体系的构建要注重前后连贯、层次分明、内外协调。对外应当保持与碳交易国际法律新秩序之间的有效衔接，尤其要与巴黎气候大会之后全球碳市场新形势新变化新发展相适应;对内应当实现与其他已出台的部门法之间的衔接互补，从而保证整个碳交易法律体系的和谐统一。
企业碳排放数据的历史盘查和核查则构成碳交易体市场建设的基石。如果没有高质量的数据做支撑，把碳交易市场建立在虚假的数据基础上，无异于把碳交易市场建立在沙滩上。在国家层面，需制定统一的监测、报告、核查(MRV)体系，规则统一是数据准确的前提。在地方层面，对于试点地区出现的企业不按时提交合规的监测计划和排放报告、核查标准不统一、对核查报告审核偏松等问题，非试点地区在从无到有建立MRV体系的过程中要引以为鉴，加以改进。
三个覆盖
在碳交易体系建设初期，只覆盖二氧化碳、覆盖直接排放和间接排放、覆盖“高大上”企业。
覆盖二氧化碳是由于我国温室气体排放数据基础薄弱，而二氧化碳排放在温室气体中占到70%以上，国外大多数碳交易市场建设初期也是仅覆盖二氧化碳。因此，为了抓住主要矛盾尽快启动我国碳交易市场，在碳交易市场建设初期只需要覆盖二氧化碳即可。
覆盖直接排放和间接排放是我国与其他国家和地区碳交易市场的一个重要区别。因为目前中国电价是受管制的，价格成本无法向下游传导，纳入间接排放后工业用户也将为其电力消费支付间接排放成本，有助于电力消费侧的减排。因此，纳入间接排放是在中国现有电力体制下，电力市场不完全的折中方案。另外，有关学者的研究发现，我国一些省市的间接排放达到了其总排放的80%。
覆盖“高、大、上”企业就是指覆盖企业要抓大放小，因为大部分高排放企业都是上游行业中的大型企业，为了在碳交易市场建设中减少管理成本，以最小的社会支出实现碳交易市场的最大社会收益，在初期阶段只需要覆盖“高、大、上”企业。
四个平衡
全国碳交易体系设计要平衡经济增长和节能减排、市场总供给和总需求、地区之间的差异、行业之间的差异。
第一，平衡经济增长和节能减排之间的关系。由于我国是发展中国家，经济增长正处于工业化的关键阶段，保证经济的适度高增长仍是今后一段时期的核心工作，但节能减排对我国也是刻不容缓，必须以更有力有效的政策手段来加强节能减排和向低碳经济转型，因此，配额总量应遵循“总量刚性、结构柔性”和“存量从紧、增量从优”的原则。
第二，平衡市场的总供给和总需求。在总量设定和配额分配上既要避免欧盟碳市场第一阶段的配额分配过量导致供过于求而使价格一度跌为零;也要避免配额过少，市场需求过大，导致企业履约成本过高。供求失衡会导致价格信号失真，无法通过价格信号引导企业有效配置减排资源，并最终可能导致碳市场失灵。市场的总供给主要由配额总量、配额分配方法、配额的跨期储存和借贷以及抵消机制中CCER的比例和限制条件等决定;市场的总需求则主要由控排企业履约的刚性需求和市场投资者的投资需求所决定。因此，政策设计中需要科学处理影响供给和需求的上述关键要素。
第三，平衡地区之间的差异。我国地区差异显著，必须通过地区调整系数在各地区总量设定和减排任务分配方面加以调整，并通过抵消机制引导清洁项目在欠发达地区的投资力度。通过把碳交易市场和生态补偿及扶贫开发相结合，既能促进资源丰富但经济欠发达地区的绿色低碳发展，又能推动这些地区的精准扶贫。
第四，平衡行业之间的差异。我国行业之间的市场波动、产量波动和碳排放波动情况差异较大，因此不能用一刀切的办法统一成一个行业减排系数，需要根据行业的减排潜力、减排成本、国际竞争力、生产和排放趋势等制定不同行业的减排系数。
五个结合
全国碳交易体系设计要注重总量刚性与结构柔性相结合、历史法和标杆法相结合、免费分配和有偿拍卖相结合、事前分配和事后调节相结合、存量从严与增量从优相结合。
首先，总量刚性与结构柔性相结合。碳交易体系是为了实现既定的减排目标，所以，总量必须是刚性的，一旦确定就不能随意更改。但为了平衡经济增长和减少碳排放，必须为企业新增产能留下一定的排放空间，也为碳市场的异常波动留下政府调控的手段，因此，需要把配额在结构上分为企业初始配额、新增预留配额和政府预留配额三部分，三者之间的比例可根据实际情况进行一定范围内的调整，期末多余的配额应该予以撤销。
其次，历史法和标杆法相结合、免费分配和有偿拍卖相结合、事前分配和事后调节相结合、存量从严与增量从优相结合。在中国现有条件下，必须从现实出发，在配额分配这一企业最利益攸关和敏感的核心问题上进行上述“四结合”。随着条件的成熟，特别是基础数据的质量不断提高和完备、企业减排能力的不断加强和制度方法的不断完善，可以逐步向完全标杆法、完全有偿分配以及事前一次性分配过渡，存量和增量也一视同仁。
六大挑战
全国碳交易市场设计要应对经济增长不稳定、MRV不统一、配额不紧、流动性不强、控排企业能力不够和地方政府不支持等六个方面的挑战，在政策设计过程中必须予以高度重视并加以妥善处理。
第一，经济增长不稳定。“三期叠加”是当前我国经济的阶段性特征，加上世界经济还处于深度调整之中，使我国经济发展的内外环境更趋复杂，经济增长很不稳定。如果没有把握这种阶段性特征，对经济形势发生误判，总量设定和配额分配就可能出现偏差。因此，在碳交易市场制度设计中一方面要对经济形势有清晰的预判，另一方面要有完善的事后调整机制，以便及时纠偏。
第二，MRV不统一。核查数据的准确性是碳市场成败的基石，不同核查机构之间、同一核查机构的不同核查人员之间对核查指南的理解、把握和执行参差不齐，很容易导致核查标准的不统一，从而影响数据的准确性。因此全国MRV体系建设需要在人员、方法、流程、审查、监督等方面予以考虑，确保MRV标准统一。
第三，配额不紧。碳交易市场往往具有内在的配额偏松的倾向性，特别是基于历史法实行配额免费分配时，政府和企业、中央和地方博弈的结果往往是配额分配偏多，这对市场是致命的，而且政府很难再从企业手上收回已发放的配额。若配额偏紧，政府可以动用新增预留和政府预留进行市场调节，从而在工作中掌握主动。
第四，市场流动性不强。市场流动性是反映市场运行好坏的重要指标之一，如果市场流动性不强，就不能通过供求的相互作用形成有效的价格信号，就无法引导和改变企业的决策和投资行为，就无法实现碳交易市场以成本效率的方式实现节能减排这一根本目的。因此，在政策设计中要注重提高市场流动性，如市场准入要开放多元、信息要公开透明、配额分配适度从紧、履约机制要灵活多样等。
第五，控排企业能力不够。作为碳交易市场最重要的参与主体，控排企业如果不熟悉碳交易市场的基本原理和制度规则，就不会主动开展碳资产管理，而是消极被动地去应付，结果可能以更高的成本进行节能减排，这就背离了建立碳交易市场的初衷。因此，全国碳市场建设需要加强控排企业能力建设与培训。
第六，地方政府不支持。全国碳市场建设是一个全局性的工作，需地方政府积极支持与密切配合。因此，在政策设计中必须考虑如何分权让利给地方政府以调动其积极性。