由于区域差异等原因，在当前污染治理过程中，出现了一些不公平的现象。例如，两个相邻行政区域对污染治理的要求差异过大，造成“近在咫尺却是两重天”问题;同样是污染，大型正规企业被限产、停产，没有手续的小企业却依然可以逃避监管、偷拍偷放;一地的大气污染治理不到位，周边地区的空气质量都受影响等。这些问题在某种程度上影响了部分地区、企业污染治理的积极性。结合当前污染治理实践，笔者认为，在解决污染治理公平问题上要重点做好以下几方面的工作。
首先，加大宣传力度。新《环境保护法》第十五条规定：“省、自治区、直辖市人民政府对国家环境质量标准中未作规定的项目，可以制定地方环境质量标准;对国家环境质量标准中已作规定的项目，可以制定严于国家环境质量标准的地方环境质量标准。”各地环保部门要结合地区污染治理形势、现状有针对性做好相关方面的宣传教育工作，特别是环境保护政策、法律、法规的宣传，使污染企业充分认清当前污染治理大形势、大趋势。树立早治理、早受益，严是爱、宽是害，不治理污染、发展的空间只能越来越窄的意识。使其克服攀比、观望、等靠、侥幸等心理，不把“邻省、邻市、邻县标准较低”作为不治理的借口，积极主动自觉搞好污染治理。同时，使污染治理要求相对宽松、工作相对落后的地区有压力，不断加大工作力度，缩小与毗邻地区的差距。
其次，统筹兼顾全面治理。当前，各地区、各部门根据地区污染现状，有的在水污染治理方面投入相对较大，有的以大气污染治理作为工作重点。这种情况的出现当然有其合理性，但是在治理过程中容易出现涉水企业平安无事、涉气企业压力较大的状况。这是一种污染治理不公平现象，影响了企业治污积极性。对此，要克服头痛医头脚痛医脚的思想，严格依据政策、法律、法规和行业标准要求，统筹好国控、省控、市控、县控企业污染治理;统筹好涉气、涉水、涉味、危废产生企业的污染治理;统筹好合法正规企业、违规建设项目、落后产能行业企业、土小污染企业的治理，加大日常巡查、监管、执法力度，彰显出污染治理的公平性。
第三，加大跨区域联合执法力度。一方面，由于大气、水具有漂移性、流动性，一个地区治理不到位就会影响周边及下游的环境;另一方面，由于污染治理的地区差异，当前污染企业也在从经济发达、环保要求高的地区向经济落后、环保要求低的地区转移。对此，要强化跨区域环境执法，建立健全相关联动、协商及情况通报、信息共享等机制，形成联合打击环境违法犯罪和污染治理的合力。要克服各自为政的思想，使污染者没有漏洞可钻。在这方面，一些地区已进行了积极探索。例如，山东省和江苏省为加强两省边界地区的环境保护工作成立了鲁苏边界环境保护联合会，对促进鲁南和苏北地区污染治理发挥了重要作用。各地各有关部门要结合实际，创新工作思路，积极探索跨区域联合执法的方式方法，打好区域合作的污染治理联合战、合围歼灭战，让不同地区污染治理水平、层次、力度在互动、比较中得到不断提高。使企业认识到无论身在何处，不遵守环保法律、法规，不认真搞好污染治理，都没有立足之地。