活垃圾综合处理场9座，提前一年完成了省下达的垃圾处理“一县一场”目标，城市生活垃圾无害化处理率达到100%。
城镇污水垃圾处理工作，关系到广大人民群众的切身利益和生态环境的改善。市委、市政府对污水垃圾处理工作高度重视，成立了市委书记、市长任指挥长，分管市领导任副指挥长，各县区党政一把手及市直有关部门主要负责人为成员的生态建设领导小组。市委常委分包各县区，明确县区委书记为辖区水污染防治第一责任人，县长为直接责任人，并将污水垃圾处理作为重要指标，实行治污工作一票否决制。2013年以来，市政府先后出台了《关于建设生态菏泽的决定》、《菏泽市水污染防治工作实施方案》、《城市污水处理费征收管理办法》等一系列促进城镇污水垃圾处理设施建设的文件，在加快城镇污水垃圾处理工程建设方面取得明显效果。
截至目前，全市共建设污水处理厂16座，运行规模58万吨/日，配套建设污水管网1092公里，污水处理满负荷运行率由2010年的70%提高到98%。全市137个乡镇，已有107个乡镇建成污水处理站。232个农村新型社区，已有125个建有污水处理设施。其中，在牡丹区沙土镇、曹县庄寨镇等22个重点乡镇建设的污水处理站，采用“ AAO ”处理工艺，处理后出水水质达到城镇污水处理厂污染排放标准一级A标准。
